调整频率有助于让声纳适合您的特定目的和海水的当前深度。

较高的频率会使用较窄的波束宽度，并且较适合高速行驶和波涛汹涌的海面条件。 使用较高的频率时，确定水底高程和确定变温层效果更佳。

较低的频率使用较宽的波束宽度，这可以让渔民看到更多目标，但是在波涛汹涌的海面条件期间，也会产生更多表面噪声并且会降低海底信号连续性。 较宽的波束宽度可传回鱼群目标的较大弧形，因此定位鱼群的效果更理想。 较宽的波束宽度在深海中表现更出色，因为较低的频率的深水渗透力更强。

啁啾频率可让您通过频率范围扫描每个脉冲，因此可以更好地区分深水中的目标。 啁啾可用来清楚地区分目标（例如鱼群中的某条鱼），适合深水应用。 一般而言，啁啾的表现比单一频率应用要好一些。 因为某些鱼目标在使用固定频率时显示效果更好，所以在使用啁啾频率时，应将您的目的和水质条件纳入考虑范围。

一些声纳黑盒子和转换器还可让您定制每个转换器元素的预置频率，这可让您在海水和您的目的发生变化时快速更改频率。

使用分频视图同时查看两个频率可让您通过较低频率回声查看较深海底的情况，与此同时通过较高频率回声查看更多细节。