Nastavení frekvence napomáhá přizpůsobení sonaru konkrétním účelům a indikaci hloubky vody.

Vyšší frekvence používají menší šířky paprsku a jsou výhodnější pro provoz při vysoké rychlosti a na neklidném moři. Vyšší frekvence také poskytují lepší rozlišení dna a teplotního gradientu.

Nižší frekvence využívají větší šířky paprsků, které pokryjí větší oblast a umožňují zobrazit více cílů. Současně ale vytvářejí více hluku na povrchu a redukují kontinuitu signálu na neklidném moři. Větší šířky paprsku vytvářejí větší oblouky pro návrat cílů, což je ideální pro lokalizaci ryb. Větší šířky paprsku jsou také vhodnější pro hlubokou vodu, protože nízkofrekvenční paprsek lépe proniká vodou. Jsou využitelné pro hledání struktur jako jsou například hromady větví.