Regulacja częstotliwości pomaga dostosować sonar do określonych celów i aktualnej głębokości wody.

Wyższe częstotliwości korzystają z węższych wiązek i przydają się przy dużych prędkościach i wzburzonym morzu. Wyższa częstotliwość oznacza lepszą wyrazistość dna i termokliny.

Niższe częstotliwości korzystają z szerszych wiązek, które pozwalają dostrzec więcej obiektów, ale generują zarazem więcej zakłóceń powierzchniowych i ograniczają ciągłość echa dna przy wzburzonym morzu. Szersze wiązki generują większe łuki dla ech obiektów, dzięki czemu są idealne do lokalizowania ryb. Szersze wiązki działają również lepiej na głębokiej wodzie, ponieważ niższa częstotliwość oznacza lepszą penetrację głębin.

Częstotliwości CHIRP pozwalają sprawdzić każdy impuls w różnych częstotliwościach, co daje lepsze rozróżnianie obiektów w głębinach. Technologia CHIRP może być używana do wyraźnego identyfikowania obiektów, takich jak pojedyncze ryby w ławicy oraz do różnych zastosowań na głębinach. Na ogół działa lepiej niż zastosowanie pojedynczej częstotliwości. Ponieważ niektóre ryby mogą być lepiej widoczne w przypadku użycia stałej częstotliwości, należy wziąć pod uwagę cel i warunki wodne podczas korzystania z częstotliwości CHIRP.

Niektóre sonary czarnej skrzynki i przetworniki umożliwiają regulację wstępnie ustawionych częstotliwości dla każdego elementu przetwornika. Umożliwia to szybką zmianę częstotliwości przy użyciu wstępnie ustawionych wartości w przypadku zmiany warunków w wodzie lub celów poszukiwań.

Przeglądanie dwóch częstotliwości jednocześnie przy wykorzystaniu widoku podziału częstotliwości pozwala zajrzeć w głębiny za pomocą echa o niższej częstotliwości, a także wyświetlić więcej szczegółów z echa o wyższej częstotliwości.