調整頻率有助於針對您的特定目標和目前水深來調適聲納。

較高頻率會使用狹窄的聲束寬度，而且較適合高速操作和風浪大的海面狀況。 使用高頻時，底部清晰度或斜溫層清晰度可能會比較好。

較低頻率會使用較寬的聲束寬度，這可讓漁民看見更多目標，但是也可能產生更多表面雜訊，並且在海面風浪大的期間降低底部訊號連續性。 較寬的聲束會對魚群目標回波產生較大的拱形，使其非常適合定位魚群。 較寬的聲束在深水中也會發揮較佳效果，因為較低頻率具有較佳的深水穿透力。

CHIRP 頻率可讓您透過一個範圍的頻率來掃掠每一個脈衝，因此在深水中有更好的目標區分。 CHIRP 可用來清楚識別目標，像是魚群中的個別魚隻，並且可用於深水應用。 CHIRP 通常會比單頻應用表現得更好。 由於有些魚隻目標使用固定頻率會有更好的顯示，因此您在使用 CHIRP 頻率時應該考慮您的目標和水況。

有些聲納黑盒和測感器也提供為每一個測感器元件自訂預設頻率的功能，當水況和您的目標改變時，這讓您能夠使用這些預設值來快速變更頻率。

使用分割頻率檢視來同時觀看兩個頻率可讓您利用較低頻率回波看得更深，並同時從較高頻率回波中看到更多細節。