Frekansı ayarlamak, sonarı amacınıza ve mevcut su derinliğine göre uyarlamanıza yardım eder.

Daha yüksek frekanslarda dar huzme genişlikleri kullanılır ve yüksek hızda çalışma ya da zorlu deniz koşullarında kullanım için daha uygundur. Daha yüksek bir frekans kullanılırken dip tanımı ve termoklin tanımı daha iyi olabilir.

Düşük frekanslarda daha geniş huzmeler kullanılır ve balıkçının daha fazla hedefi görebilmesi sağlanır, ancak aynı zamanda daha fazla yüzey gürültüsü üretilebilir ve zorlu deniz koşullarında dip sinyali sürekliliği azalabilir. Daha geniş huzmeler daha geniş bir çeperde balık hedeflerinin döndürülmesini sağladığı için balıkların bulunmasında idealdir. Daha geniş huzmeler aynı zamanda derin sularda da daha çok işe yarar, çünkü düşük frekans sayesinde derin su daha iyi taranır.

CHIRP frekansları, her atımı bir frekans aralığına yaymanıza ve bunun sonucunda, derin suda daha iyi hedef ayrımı yapmanıza olanak tanır. CHIRP, bir sürüdeki tek balık gibi hedefleri ayrı ayrı tanımlamak veya derin su uygulamaları için kullanılabilir. CHIRP genellikle tek frekans uygulamalarından daha iyi bir performans gösterir. Bunun nedeni, bazı balık hedeflerinin sabit bir frekans kullanılarak daha iyi gösterilebilmesidir. CHIRP frekanslarını kullanırken hedeflerinizi ve su koşullarını göz önünde bulundurmanız gerekir.

Bazı sonar kara kutular ve dönüştürücüler de her bir dönüştürücü öğesi için ön ayar frekanslarının özelleştirilebilmesini sağlar. Bu, su ve hedefleriniz değiştikçe ön ayarları kullanarak frekansları hızlı bir şekilde değiştirebilmenize olanak tanır.

Bölünmüş frekans görünümünü kullanarak aynı anda iki frekansı görüntülemek, düşük frekansın döndürdüğü verilerle daha derini görebilmenizi ve bu görüntüyü yüksek frekansın döndürdüğünden daha ayrıntılı alabilmenizi sağlar.