Nastavení frekvence napomáhá přizpůsobení sonaru konkrétním účelům a indikaci hloubky vody.

Vyšší frekvence používají menší šířky paprsku a jsou výhodnější pro provoz při vysoké rychlosti a na neklidném moři. Vyšší frekvence také poskytují lepší rozlišení dna a teplotního gradientu.

Nižší frekvence využívají větší šířky paprsků, které umožňují zobrazit více cílů. Současně ale vytvářejí více hluku na povrchu a redukují kontinuitu signálu na neklidném moři. Větší šířky paprsku vytvářejí větší oblouky pro návrat cílů, což je ideální pro lokalizaci ryb. Větší šířky paprsku jsou také vhodnější pro hlubokou vodu, protože nízkofrekvenční paprsek lépe proniká vodou.

Frekvence signálu CHIRP umožňují každým impulzem prohledat řadu frekvencí, čímž dojde k lepšímu oddělení cíle v hlubokých vodách. Signál CHIRP lze použít pro zřetelné odlišení cílů, například jednotlivých ryb v hejnu, a pro hluboké vody. Signál CHIRP dosahuje obvykle lepších výsledků než použití jedné frekvence. Protože se některé cílené ryby mohou s pevnou frekvencí zobrazovat lépe, zvažte při používání signálu CHIRP své cíle a vodní podmínky.

Některé sonarové černé skříňky a sondy rovněž poskytují možnost úpravy přednastavených frekvencí každého prvku sondy, což umožňuje rychlou změnu frekvence pomocí přednastavených hodnot podle změny vody a cílů.

Současné prohlížení dvou frekvencí v režimu zobrazení s rozdělenou frekvencí umožňuje vidět hlouběji na nižší frekvenci a současně pozorovat více detailů na vyšší frekvenci.