Enne autopiloodi funktsioonide kasutamist tuleb kalibreerida veomootori kompass. Parimate tulemuste saamiseks peaksid mootori kalibreerima päeval, kus rahuliku vee korral on tuult vähe või polegi. Kui autopiloodi funktsioonid ei tööta ootuspäraselt, võid kalibreerimistoimingut korrata.