Z nastavitvijo frekvence pripomorete k prilagoditvi sonarja določenim ciljem in trenutni globini vode.

Višje frekvence uporabljajo ožje žarke in so primernejše za hitre operacije in težavne razmere na morju. Jasnost dna in termokline je boljša ob uporabi višje frekvence.

Nižje frekvence uporabljajo širše žarke, s katerimi ribiči lahko vidijo več ciljev, vendar lahko proizvedejo tudi več šuma na površini in v težavnih razmerah na morju zmanjšajo neprekinjenost signala z dna. Širši žarki ustvarijo večje loke za povratne signale o ribah, zato so idealni za iskanje rib. Širši žarki se bolje odrežejo tudi v globlji vodi, saj nižja frekvenca lažje prodira skozi globine.

Frekvence CHIRP omogočajo prehod vsakega impulza prek različnih frekvenc, kar v globlji vodi izboljša razločevanje ciljev. CHIRP je mogoče uporabljati za razločno določanje ciljev, npr. posameznih rib v jati in pri dejavnostih v večjih globinah. CHIRP na splošno deluje boljše kot naprave z eno frekvenco. Ker so nekatere ribe bolj vidne ob uporabi stalne frekvence, ob uporabi frekvenc CHIRP upoštevajte svoje želje in vodne pogoje.

Nekatere črne škatle sonarjev in pretvornikov omogočajo tudi poljubno spreminjanje prednastavljenih frekvenc posameznih elementov pretvornika, s čimer lahko uporabnik ob spreminjanju vodnih pogojev in svojih namenov s prednastavitvami hitro spreminja frekvence.

Sočasen ogled dveh frekvenc s pomočjo pogleda z deljeno frekvenco omogoča videti globlje s povratnimi signali z nižjo frekvenco in natančneje s povratnimi signali z višjo frekvenco.