Podešavanjem frekvencije sonar se prilagođava vašim ciljevima i trenutnoj dubini vode.

Više frekvencije koriste male širine snopa i bolje su za rad pri većim brzinama i na nemirnom moru. Definicija dna i termoklina mogu biti bolje kad koristite višu frekvenciju.

Niže frekvencije koriste veće širine snopa koje ribarima prikazuju više ciljeva, ali isto tako mogu generirati više površinske buke i smanjiti kontinuitet signala dna na nemirnom moru. Veće širine snopa stvaraju veće lukove za primanje signala riba pa su idealne za pronalaženje riba. Veće širine snopa također daju bolje rezultate u dubokoj vodi jer niže frekvencije bolje prodiru u duboku vodu.

CHIRP frekvencije omogućavaju odašiljanje svakog impulsa kroz raspon frekvencije, što rezultira boljim razdvajanjem objekata u dubokoj vodi. CHIRP se može koristiti za jasno identificiranje objekata, poput pojedinačnih riba u jatu, i u dubokoj vodi. CHIRP općenito daje bolje rezultate od primjena s jednom frekvencijom. Budući da se neki objekti riba mogu bolje prikazati pomoću fiksne frekvencije, kad koristite CHIRP frekvencije trebali biste razmotriti svoje ciljeve i uvjete u vodi.

Neke sonarske crne kutije i sonde omogućavaju i prilagodbu unaprijed postavljenih frekvencija za svaki element sonde, što omogućava brzo mijenjanje frekvencija korištenjem unaprijed postavljenih vrijednosti u slučaju promjena u vodi i promjena ciljeva.

Istovremeni prikaz dvije frekvencije putem zaslona s podijeljenom frekvencijom omogućuje vam da vidite dublje pomoću signala niže frekvencije i da istovremeno vidite detaljnije pomoću signala više frekvencije.