La regolazione della frequenza consente di adattare l'ecoscandaglio di volta in volta a determinate esigenze e alla profondità dell'acqua.

Le frequenze più alte utilizzano fasci più stretti e sono ideali in condizioni di alta velocità e mare mosso. La definizione del fondale e la definizione del termoclino sono più accurate quando si utilizza una frequenza superiore.

Le frequenze più basse utilizzano fasci più ampi, di conseguenza coprono un'area più vasta e consentono ai pescatori di vedere più bersagli. Allo stesso tempo, però, possono generare un rumore di superficie più forte e ridurre la continuità del segnale proveniente dal fondale in condizioni di mare mosso. I fasci più ampi generano archi più larghi per i segnali dei bersagli e sono ideali, quindi, per il rilevamento dei pesci. I fasci più ampi funzionano anche meglio nelle acque profonde, perché la frequenza più bassa penetra maggiormente. È possibile utilizzarli per cercare strutture di vario tipo, ad esempio le sterpaglie.