Le réglage des fréquences permet d'adapter le sondeur à des objectifs spécifiques et à la profondeur actuelle de l'eau.

Les fréquences les plus élevées utilisent des largeurs de faisceau étroites et sont plus efficaces pour les opérations à grande vitesse et lorsque la mer est agitée. La définition du fond marin et des thermoclines peut s'avérer plus efficace lors de l'utilisation d'une fréquence élevée.

Les fréquences plus faibles utilisent des largeurs de faisceau plus larges : elles couvrent des zones plus importantes et permettent aux pêcheurs de détecter un plus grand nombre de cibles, mais elles peuvent également provoquer plus de bruit en surface et limiter la continuité du signal provenant du fond lorsque la mer est agitée. Les largeurs de faisceau plus importantes permettent un meilleur ciblage des cibles, ce qui en fait un outil idéal pour détecter le poisson. Les largeurs de faisceau plus importantes permettent également d'obtenir de meilleurs résultats en eaux profondes. En effet, les fréquences plus faibles permettent d'obtenir une meilleure pénétration en eaux profondes. Elles peuvent servir à détecter certaines structures, comme des herbiers.