La regolazione della frequenza consente di adattare l'ecoscandaglio di volta in volta a determinate esigenze e alla profondità dell'acqua.

Le frequenze più alte utilizzano coni più stretti e sono ideali in condizioni di alta velocità e mare mosso. La definizione del fondale e la definizione del termoclino sono più accurate quando si utilizza una frequenza superiore.

Le frequenze più basse utilizzano coni più ampi, consentendo di vedere più bersagli. Al contempo, possono però generare un rumore di superficie più forte e ridurre la continuità del segnale proveniente dal fondale in condizioni di mare mosso. I coni più ampi generano archi più larghi per i segnali dei bersagli e sono ideali, quindi, per il rilevamento dei pesci. I fasci più ampi funzionano anche meglio nelle acque profonde, perché la frequenza più bassa penetra maggiormente.

Le frequenze CHIRP consentono di muovere ad arco ciascun impulso in un intervallo di frequenze, consentendo una migliore separazione dei bersagli in acque profonde. La tecnologia CHIRP può essere utilizzata per identificare distintamente i bersagli, come un singolo pesce in un banco e per applicazioni in acque profonde. CHIRP funziona solitamente meglio rispetto alle applicazioni a singola frequenza. Poiché alcuni pesci possono essere visualizzati meglio utilizzando una frequenza fissa, è necessario tenere presente i propri obiettivi e le condizioni dell’acqua quando si utilizza la tecnologia CHIRP.

Alcune scatole nere con ecoscandaglio e trasduttori consentono anche di personalizzare le frequenze preimpostate per ciascun elemento del trasduttore, permettendo di modificare rapidamente la frequenza utilizzando le preimpostazioni quando le condizioni dell'acqua e i propri obiettivi cambiano.

Visualizzando due frequenze contemporaneamente è possibile vedere più a fondo con la frequenza più bassa e vedere maggiori dettagli con la frequenza più alta.